Marco Milanese è Professore Ordinario di Archeologia (Cattedre di Metodologia della Ricerca Archeologica, Archeologia Medievale e Postmedievale) presso l' Università degli Studi di Sassari dove insegna dal 1992. E' docente di Archeologia Medievale nelle Scuole di Specializzazione in Archeologia delle Università di Cagliari e di Oristano ed ha insegnato nelle Università di Genova, Siena e Arezzo.

E' stato Ispettore Archeologo nella Soprintendenza Archeologica della Toscana (Firenze) e Conservatore del Museo Archeologico di Montelupo Fiorentino

Vincitore del Premio Internazionale di Archeologia 'L'Erma di Bretschneider' (1983).

Dottore di Ricerca in Archeologia Medievale presso le Università di Pisa e Siena (1986).

Dal 1973 al 2013, ha partecipato e diretto oltre 230 campagne di scavo e di ricerca in Liguria, Sardegna, Toscana, Lombardia, Abruzzo, Tunisia e Portogallo.

Dirige dal 2012 la Scuola di Dottorato in 'Storia, Letterature e Culture del Mediterraneo' presso l'Università di Sassari.e il> Corso di Dottorato in 'Archeologia, Storia e Scienze dell'Uomo'

Ha fondato e dirige il Museo Biddas (Museo dei Villaggi Abbandonati della Sardegna - Sorso, SS), vincitore (2013) della I Edizione del Premio Nazionale 'R.Francovich' per il miglior Museo italiano dedicato al patrimonio archeologico medievale nazionale.

E' Direttore del Centro Interuniversitario di Ricerca sulle Tecnologie per i Beni Culturali. e del Museo del Meilogu Medievale (MuMe), con sede in Bessude (Sassari).

Nel 2007 ha vinto ilPremio di Produttività Scientifica dell'Università di Sassari,nel 2013 ha vinto il Premio Josep Sanna per le opere a stampa dedicate ad Alghero e nel 2014 il Premio 'Roa Vermella Rafael Catardi' per la cultura algherese.

Autore di oltre 450 pubblicazioni, nel 1997 ha fondato e dirige la rivista internazionale di studi 'Archeologia Postmedievale', oltre a numerose Collane di studi e ricerche, come'Sardegna Medievale', 'Quaderni dei Villaggi Abbandonati della Sardegna', 'Documenti di Archeologia Postmedievale' e 'Archeologia Urbana ad Alghero'.

E' membro dell'Editorial Advisory Board della rivista Post-Medieval Archaeology, del Comitato Scientifico del Butlletì Informatiu de Ceràmica (Barcelona), della Redazione della rivista 'Archeologia Medievale' e di altri periodici scientifici internazionali.

Fra i suoi volumi più significativi (escluso il triennio 2011-2013): La ceramica europea, Genova 1986; Scavi nell'oppidum preromano di Genova. Roma (L'Erma di Bretschneider), 1987; Genova Romana. Mercato e città dalla tarda età repubblicana a Diocleziano dagli scavi del Colle di Castello, Roma (L'Erma di Bretschneider), 1993; La ceramica postmedievale in Toscana. Documenti archeologici su produzione e consumo, Firenze (All'Insegna del Giglio), 1997 ; Uchi Maius tardo antica ed islamica. Studi e ricerche 1995-2002, Pisa (University Press), 2003 ; Il castello e l'oliveto. Insediamento e trasformazioni del paesaggio dalle indagini archeologiche a Massa in Valdinievole, S. Giovanni Valdarno, 2004; Archeologia in Chinzica. Insediamento e fonti materiali (secoli XI-XIX) dagli scavi nell'area di Santa Cristina in Pisa, Pisa (University Press), 2004; Vita e morte dei villaggi rurali tra Medioevo ed Età Moderna. Dallo scavo della villa de Geriti ad una pianificazione della tutela e della conoscenza dei villaggi abbandonati della Sardegna, Firenze, 2006; Palazzo Scotto Corsini. Archeologia e Storia delle trasformazioni di un'area urbana a Pisa tra XI e XX secolo, Pisa, 2006; Castelsardo. Archeologia di una fortezza dai Doria agli Spagnoli, Sassari (Delfino), 2010; Lo scavo del cimitero di San Michele ad Alghero (fine XIII - inizi XVII secolo), Pisa (Felici), 2010; Alghero. Archeologia di una città medievale, Sassari (Delfino), 2013.